El conflicto armado entre las repúblicas de Chile con los aliados de Bolivia y Perú encontró a la organización militar chilena sin servicios de sanidad preparados para asumir las tareas a las que se vio enfrentada durante la guerra. El Ejército contaba con un pequeño y pésimo hospital en Angol y algunas instalaciones sanitarias en la Araucanía, necesarias por la permanente guerra con los araucanos, que se dio por finalizada en diciembre de 1881, en plena Guerra del Pacífico. Al momento de comenzar el conflicto, con el desembarco de tropas chilenas en Antofagasta el 14 de febrero de 1879, el mismo día en que el gobierno de La Paz expropiaría la compañía de nitrato de Antofagasta, el destacamento chileno desembarcado no estaba acompañado por un servicio sanitario. La Armada chilena, por su parte, disponía desde su creación de un servicio de sanidad naval, pero no contaba con dotaciones completas de cirujanos navales para todas sus unidades. No existían hospitales militares ni navales en las ciudades de Santiago y Valparaíso, y se debían usar salas en hospitales civiles destinadas a personal militar, práctica que se mantuvo durante la guerra. Al ser estos insuficientes para recibir a todos los heridos trasladados desde el norte, se crearon los llamados hospitales de sangre, organizados y financiados privadamente.

En esa época el país tenía una población aproximada de 2 millones 440 mil habitantes, una sola Escuela de Medicina y el número de médicos no alcanzaba a los 300. Entre ellos se contaban algunos extranjeros, incluyendo al jefe del servicio sanitario de la Armada, doctor Francisco Javier Villanueva, originario de Mendoza, quien fue el primero en utilizar en Chile, en 1848, la anestesia con cloroformo.

Durante el verano de 1879, las noticias de la guerra que se avecinaba contra Bolivia, motivaron el entusiasmo de médicos y estudiantes de Medicina por colaborar con el gobierno y sus Fuerzas Armadas. El 6 de marzo de 1879 se realizó una asamblea en la Escuela de Medicina, convocada por los alumnos y presidida por el decano doctor Wenceslao Díaz Gallego, a la que asistieron más de 500 personas y que concluyó con una declaración pública de apoyo a las políticas del gobierno y nombró una comisión para participar en la organización del servicio de sanidad. El 9 de mayo, el gobierno oficializó el trabajo de esta comisión, y aceptó el plan propuesto de organización del servicio médico militar, que se basaba en experiencias del Ejército francés, cuya influencia aún era importante en América del Sur, a pesar de que en 1870 había sido estrepitosamente derrotado por los ejércitos alemanes. El 15 de mayo se puso en vigencia el reglamento para el servicio médico militar y se dio a conocer la nómina del personal en campaña, a la cabeza de ellos, como cirujano en jefe del ejército expedicionario, el doctor Nicanor Rojas, profesor de clínica quirúrgica, quien el 19 de mayo se embarcó al norte con un grupo de sus alumnos.

La comisión diseñó un sistema que consistía en un servicio de cuerpo o regimiento, los que tradicionalmente tenían médicos asignados, a los que se proveyó de dos cirujanos, cuya tarea era la más peligrosa, ya que acompañaban a las tropas durante el combate y hacían vida de campaña con ellas; un servicio de ambulancias, que seguiría los desplazamientos del ejército en campaña, encargándose de los primeros cuidados médicos durante las batallas y del traslado de los heridos a hospitales de evacuación ubicados a retaguardia, en los cuales se les trataría en forma definitiva y que serían instalados en ciudades y pueblos cercanos al frente. También designó a un grupo de hospitales de término, adonde se trasladarían los heridos para su recuperación final, ubicados en Valparaíso y Santiago o en las ciudades de donde provenían las tropas, como Copiapó, cuyo hospital recibió a los heridos del batallón Atacama.

En esta organización, cada ambulancia (hospital volante) dispondría de un cirujano jefe y de dos cirujanos ayudantes, 4 practicantes, 12 camilleros y un contralor, que podía asistir 200 heridos. Esto calculado para atender a un 10% de los efectivos en campaña, lo que estuvo por debajo del número de bajas y de enfermos, que llegó a superar el 20%. El financiamiento y equipamiento de las ambulancias se obtuvo parcialmente a través de donaciones de particulares, siendo Valparaíso la primera ciudad en organizar y donar una al Ejército. Los médicos tenían sueldo de oficiales, así un cirujano segundo tenía un grado equivalente al del capitán de artillería y recibía un salario de 120 pesos mensuales. Sin embargo, no tenían la autoridad que va con el rango, lo que causaba continuos problemas, ya que era un personal extraño a la cultura castrense. Hasta hace poco, desde el punto de vista del militar profesional "el médico militar era un no-combatiente apenas tolerado que pasa visita a los enfermos, da píldoras catárticas, crea problemas de transporte, complica los planes tácticos y es causante de que el agua tenga mal sabor" (Zinsser, 1934). Desde un comienzo el servicio médico militar fue voluntario e incorporó a numerosos estudiantes de Medicina de quinto año, quienes marcharon al norte acompañando a sus profesores.

El cuerpo sanitario del Ejército, durante el primer año de la guerra, contó con 25 cirujanos primeros, 53 cirujanos segundos, 118 practicantes, algunos de los cuales eran estudiantes de Medicina de cuarto año, y de 12 farmacéuticos, además del personal de apoyo. No incluía auxiliares ni tampoco enfermeras, quienes habían sido incorporadas a los servicios sanitarios militares en los ejércitos rusos e ingleses durante la guerra de Crimea (1854-1856), donde Florence Nightingale, en noviembre de 1854, junto a un grupo de enfermeras, fue enviada al hospital militar de Scutari, cuyas desastrosas condiciones habían motivado un escándalo público en Inglaterra. Ellas, empleando normas de aseo e higiene, que incluían, entre otras, cambio constante de ropa de cama, limpieza y lavado regular de la planta física y mejoría en la alimentación, lograron disminuir la tasa de mortalidad por infecciones de un inusitado 44% a menos de un 5% al final de la guerra.

En cuanto al servicio de sanidad naval, en el año 1879, ingresaron al servicio médico de la Marina de Chile 19 médicos, incluyendo al recién licenciado doctor Pedro R. Videla, quien sería el primer médico caído en acción, al ser herido de muerte en la Covadonga por un proyectil del Huáscar, durante los primeros momentos del Combate Naval de Iquique.

La noción de que la organización médica civil debe o puede proveer un personal médico entrenado es una idea relativamente moderna. Antes de ello, los ejércitos entrenaban su propio personal médico, que desarrollaba enteramente su carrera en el Ejército, como sucedía en el Ejército imperial romano. Para comprender la práctica de la medicina militar en cualquier período de la historia, se hace necesario relacionarla con la estructura y organización del Ejército en que esta se practica.

El currículo de la Escuela de Medicina no contemplaba el estudio de medicina militar, cuyas tareas son diferentes a las que encuentra un médico en la vida civil. La preparación de los estudiantes era por lo tanto insuficiente y la de los médicos ya recibidos no era mucho mejor. Recién en septiembre de 1898 se inició en la Escuela de Medicina un curso de cirugía militar para el servicio de ambulancias y la guardia nacional, a cargo del doctor David Benavente Serrano y destinado a médicos y alumnos de quinto y sexto año de Medicina, los cuales al terminar el curso tenían derecho a incorporarse al servicio de sanidad militar que había sido establecido por el Ejército en junio de 1889. La organización sanitaria del ejército chileno, como se dijo anteriormente, era precaria y esto se hizo evidente en los campamentos militares establecidos en Antofagasta. La población de esta ciudad era de aproximadamente 9 mil personas (mayoritariamente chilenos) al comienzo de la guerra y llegó a sobrepasar los 20 mil en junio de 1879. Al duplicarse la población con la llegada de los contingentes militares empeoraron las condiciones sanitarias, lo que generó diversas epidemias. En un informe del 21 de julio de 1879 se daba cuenta de 1.678 soldados no vacunados sobre un efectivo de 8 mil hombres acantonados en la ciudad. Recién el 24 de agosto se ordenó la vacunación de ellos cuando ya se habían producido más de treinta casos de viruela. Las enfermedades venéreas, tradicionalmente difíciles de controlar en los ejércitos expedicionarios, eran la causa de más del 40% de las hospitalizaciones. Esto llevó a las autoridades sanitarias en junio de 1879 a obligar a las mujeres que acompañaban a los soldados y que formaban parte de la población habitual de los campamentos militares a realizarse exámenes médicos periódicos, tarea que recayó en los cirujanos de los regimientos, quienes debían entregarles su certificado de salud. En julio del mismo año se prohibió que las tropas enviadas al norte fuesen acompañadas de mujeres. En general, las medidas tomadas con este fin fueron tardías e insuficientes y la tasa de infección venérea se mantuvo alta durante toda la guerra. Hay que recordar, sin embargo, que se trataba de una condición muy frecuente en esa época y existen informes sanitarios de 1885 que indican que un 30% de los internados en el hospital San Vicente de Paul en Santiago padecían de estos males.

Los conocimientos médicos de la época estaban avanzados en el manejo del dolor, habiéndose ya descubierto el éter y el cloroformo. El éter se utilizó en cirugía militar por primera vez en la guerra entre Estados Unidos y México en el año 1847. El cloroformo, descubierto en 1831, no fue utilizado como anestésico hasta 1847 y era más simple de emplear que el éter, además de no ser explosivo, lo cual era muy importante cuando las operaciones se hacían bajo la luz de velas o lámparas de gas. La anestesia revolucionó la cirugía militar en lo que se refiere a amputaciones, ya que hizo posible el operar más lentamente, con una hemostasia más completa, permitiendo así preparar la extremidad para una futura prótesis.

La antisepsia era practicada por algunos cirujanos conocedores de los principios y técnicas de vendaje, con múltiples capas, que se impregnaban con ácido carbólico, introducidas por el cirujano inglés José Lister, quien publicó sus resultados en la revista Lancet en marzo de 1867, donde demostró una marcada reducción en la tasa de mortalidad quirúrgica secundaria a infecciones. Sus técnicas fueron utilizadas con gran éxito por los cirujanos alemanes durante la guerra franco-prusiana (1870-1871), que fue la primera guerra de magnitud en la que hubo más muertos en acción que por enfermedades infecciosas. A esto también contribuía que la vacunación antivariólica era ya empleada desde comienzos de siglo en forma regular por los ejércitos europeos, habiendo sido establecida en Francia como obligatoria por un decreto de Napoléon en 1805.

En cuanto a la evacuación de los heridos desde el campo de batalla, era ampliamente conocido que la sobrevida de estos es directamente proporcional a la rapidez del rescate. Durante las guerras napoleónicas, Jean-Dominique Larrey, cirujano jefe de la guardia imperial, creó y desarrolló los servicios de ambulancia, orientados al rescate de los heridos en el campo de batalla y a su transporte a hospitales de campaña próximos al frente. Hasta esa época los heridos en combate solo se atendían al término de este, lo que obviamente permitía salvar únicamente a aquellos heridos leves que sobrevivían la espera, la cual podía durar días. Para su rescate y transporte se diseñaron camillas y carros tirados por caballos que cumplían el papel de las ambulancias actuales, a cargo de personal militar entrenado. No hay nada en los sistemas de evacuación modernos que no haya estado incluido en la organización diseñada por el barón Larrey.

Terminada la campaña marítima, con la captura del Huáscar en octubre de 1879, el ejército chileno pudo ser transportado por mar para llevar a cabo la ocupación de los territorios del norte. La segunda fase de la guerra, llamada Campaña de Tarapacá, comenzó con el desembarco de tropas chilenas en la bahía de Pisagua el 2 de noviembre de ese año. En esta ocasión, los mandos militares decidieron no embarcar las ambulancias, aduciendo falta de transporte, a pesar de que se contaba con una flota de 19 navíos. Esta situación refleja la baja prioridad que tenía para el Ejército chileno de la época el disponer de un cuerpo médico. Las bajas chilenas (58 muertos y 173 heridos) producidas durante el desembarco tuvieron que ser atendidas por los cirujanos de la escuadra y por médicos de la ambulancia boliviana que acompañaba a las tropas enemigas. El 9 de noviembre se procedió a trasladar a los heridos de la batalla de Pisagua, en el transporte Loa, hacia los hospitales del sur, debido a que no existían buenos hospitales en la región nortina. Posteriormente se establecieron hospitales en Antofagasta y Pisagua destinados exclusivamente a los heridos más graves cuyo estado no permitía su traslado hacia el sur. Solamente los días 19 y 20 de noviembre desembarcaron en Pisagua las primeras ambulancias chilenas, llegando justamente a tiempo para recibir a los heridos de la batalla de Dolores (20 de noviembre), en la que hubo 60 muertos, entre ellos el médico Pedro Argomedo, teniente de artillería. Se recibieron 180 heridos, 150 de los cuales fueron trasladados hacia el sur en el transporte Copiapó. El traslado de ellos se hacía en condiciones inadecuadas, ya que los heridos se colocaban en bodegas mal ventiladas y poco iluminadas, a cargo de un médico con un solo ayudante y con elementos de curación insuficientes. Esto fue corregido parcialmente con el establecimiento en Iquique, en diciembre de 1879, de un depósito general de medicinas y útiles de hospital para servir a los hospitales de campaña.

El ejército chileno en su marcha hacia el interior no contó con una ayuda sanitaria adecuada, quedando las ambulancias en los lugares de desembarco. En los hospitales allí instalados se recibían los enfermos enviados desde los campamentos. En Pisagua las condiciones eran muy difíciles, ya que el pueblo fue incendiado durante el desembarco y había escasez de edificios adecuados para instalar hospitales. El 8 de enero de 1880 descarriló un tren de transporte de tropas quedando 10 muertos y más de 40 heridos que tuvieron que ser atendidos en el único hospital disponible. La falta de camas obligó a colocar en el suelo a los enfermos antiguos. En la batalla de Tarapacá, el 27 de noviembre de 1879, en la que los chilenos tuvieron 508 muertos y 179 heridos, estos últimos quedaron abandonados durante tres días, habiendo algunos oficiales chilenos recibido atención en la ambulancia peruana que quedó rezagada en el campo de batalla. Las bajas chilenas fueron muy altas y alcanzaron a un 35,5% de los 2.283 efectivos.

Después de la batalla de Tarapacá, las tropas en número de 10 mil hombres quedaron repartidas en campamentos a lo largo de la línea férrea que va de Pisagua a Agua Santa. Se presentaron problemas de salubridad, alojamiento y alimentación. El rancho era en base a víveres secos, especialmente harina tostada, charqui, chancaca y galletas, lo que ocasionó enfermedades gastrointestinales. No existía ningún control sanitario sobre la alimentación que recibían las tropas. El criterio de la autoridad militar en relación a este aspecto, se puede evidenciar en un decreto, firmado por el jefe del estado mayor del Ejército, general Luis Arteaga, del 17 de junio de 1879, que decía: el soldado en campaña debe llevar para su marcha, para 4 días de ella, 4 libras de charqui, 4 libras de galletas, 1 libra de harina tostada, 4 cebollas y 8 ajíes.

En vista de las obvias deficiencias en el servicio médico, este se reorganizó, designándose como jefe, el 8 de diciembre de 1879, al doctor Ramón Allende Padín, quien tenía 34 años a la fecha y era presidente de la Sociedad Médica de Santiago.

Los hospitales de Santiago y de Valparaíso fueron insuficientes para recibir el número de heridos que crecía en el transcurso de la guerra. Gracias a la cooperación del sector privado se instalaron en ambas ciudades hospitales de sangre, el más conocido, financiado por don Domingo Matte, en una casa de refugio para sacerdotes, ubicada en la calle Lira, entre Santa Victoria y Santa Isabel, cedida por el Arzobispado de Santiago. Esta casona se habilitó con 54 camas y estuvo a cargo del doctor Manuel Barros Borgoño, quien había retornado recientemente a Chile y fue el iniciador de la cirugía antiséptica, aplicando las experiencias adquiridas en París al lado de su profesor el doctor Lucas Championnier, seguidor de los preceptos de J. Lister.

En 1880, y acorde con la reorganización del ejército, cuyos efectivos se agruparon en 4 divisiones, se asignó a cada una de ellas una ambulancia, persistiendo el problema de falta de personal y medios de transporte propios. La Campaña de Arica-Iquique comenzó el 28 de febrero de 1880 con el desembarco en Pacocha, donde se instaló la cuarta ambulancia, convertida en hospital, como punto de evacuación de los enfermos que se enviarían desde el interior. Luego del desembarco las tropas iniciaron su marcha al valle de Locumba, pueblo en el cual se instaló una ambulancia el 18 de abril. Como los botiquines con los medicamentos demorasen en llegar, los médicos debieron comprar algunos de ellos en la farmacia del pueblo. Esta ambulancia llegó a atender 300 enfermos, por lo que se decidió crear un hospital volante en Ilo, con capacidad para 150 pacientes, lo que permitió aliviar de tareas hospitalarias al personal de las ambulancias.

El avance de las tropas chilenas hacia Tacna, que esta vez fue apoyado por las ambulancias, fue muy difícil para estas. La escasez de mulas y carretas permitió que solo la primera ambulancia de Santiago y la quinta de Valparaíso pudiesen marchar con el ejército. La cuarta ambulancia quedó a cargo del hospital de campaña de las Yaras, donde estaba concentrado el ejército. Allí quedaron 350 pacientes con fiebre y disentería, y 15 soldados con viruela en un lazareto en las afueras del pueblo. La tercera ambulancia no pudo marchar por falta de transporte. Durante la marcha a Tacna, las carretas de las ambulancias quedaron atascadas en la arena y el personal debió seguir su marcha a lomo de mula. Al producirse el ataque el 26 de mayo de 1880, los médicos y practicantes siguieron a pie los pasos de la infantería, manteniendo una "prudente distancia" según el relato del doctor Víctor Körner, cirujano de la ambulancia número 2 de Santiago. Las experiencias del doctor Körner en esa batalla dan razón a los críticos del servicio sanitario durante la guerra. En sus memorias habla de haber emprendido la retirada cuando las tropas chilenas al quedarse sin municiones tuvieron que replegarse momentáneamente. El grupo sanitario se retira con heridos, localiza a otros y forma un pequeño campamento en el cual para protegerlos del frío de la noche debe despojar a los muertos de sus chaquetas. Al no estar informados del curso de la batalla que había sido favorable a las armas chilenas, duermen a sobresaltos, con rifles a la mano en caso de cualquier emergencia. A la mañana siguiente se recogen más soldados heridos, debiendo dejar a 25 heridos sin agua ni víveres en el campo de batalla por falta de transporte. Körner, al no encontrar transporte para todos los heridos, se dirige a Tacna, que estaba a 30 kilómetros distante del campo de batalla, y se entrevista con el comandante de la división, quien ordena el envío de transportes y tropas de caballería para rescatar a los últimos heridos. Experiencia similar vivieron otros médicos de ambulancia, ya que la batalla dejó 2.128 bajas, con 486 muertos y 1.642 heridos. Entre los muertos se contó al practicante Zenén Palacios del batallón Atacama, mencionado en el parte de la batalla por su comandante don Juan Martínez, donde informa que este fue herido de gravedad en el momento mismo en que trataba de vendar una herida, y lo destaca en conjunto con el cirujano Astorgio Díaz. Las condiciones en la ciudad de Tacna fueron aun peores para los heridos chilenos, ya que debieron utilizarse edificios no apropiados para instalar los hospitales de campaña. Así, al mercado se trasladaron 400 heridos a un patio cubierto, empedrado con pequeñas piedras de río. Debido a la escasez de camas y colchones, la mayor parte de ellos se colocó en el suelo, sobre sacos vacíos y algunas frazadas. La minoría pudo utilizar camillas o angarillas. El hacinamiento era tal, que para pasar visita los médicos debían pasar por encima de los pacientes. Las condiciones en el teatro de la ciudad, donde se instaló otro hospital, fueron similares. Por la escasez de material de curación y el gran número de heridos los vendajes se renovaban cada dos días. Las condiciones sanitarias fueron empeoradas por plagas de moscas y piojos. Körner, aprovechando uno de los traslados de heridos a Valparaíso, decide retornar a Santiago. Se reincorpora a la Escuela de Medicina y se le abona como tiempo de clínica el año y medio en campaña, recibiendo el título de médico el 16 de mayo de 1881.

Con la toma de Tacna quedó abierto el camino a Arica, que fue tomada el 7 de junio de 1880. En esta oportunidad las tropas fueron solamente acompañadas por los médicos de los regimientos, ya que las ambulancias no alcanzaron a llegar a tiempo. El número de heridos durante los combates alcanzó a 351 y fueron auxiliados por sus médicos de regimiento y por los cirujanos navales de los barcos alemanes, franceses, ingleses e italianos que estaban en el puerto para proteger las vidas y bienes de sus compatriotas, quienes bajaron a tierra y trabajaron durante 4 días con generoso espíritu humanitario atendiendo a heridos de ambos bandos. El gobierno de Chile recompensó este acto con un voto de gracias y una medalla de honor.

Con la conquista de la provincia de Tarapacá se dio término a la segunda fase de la guerra, cuya conclusión lógica sería la toma de la capital peruana, pues el ejército peruano fue el único que siguió combatiendo, ya que las tropas bolivianas cesaron de luchar, retirándose de hecho de la guerra.

Se decidió el asalto final a Lima, después de haber controlado la región salitrera e impedida la exportación de guano y azúcar del norte del Perú con el bloqueo de sus puertos. Políticamente, tomó tiempo en decidirse y solo después de fracasar las conversaciones de paz entre los países beligerantes, las tropas chilenas desembarcaron el 19 de noviembre de 1880 en Paracas, 10 millas al sur de Pisco, el mismo lugar en que José de San Martín había desembarcado en 1820 para liberar al Perú. En esta oportunidad las ambulancias chilenas dispusieron de un barco de transporte que acompañó a la flota chilena de desembarco. El ejército expedicionario chileno alcanzaba, a la fecha, a 26.413 soldados, y en total, 41.413 hombres, incluyendo a las reservas estacionadas en las provincias ya conquistadas y el ejército en el centro y región de la frontera.

En Pisco se instalaron dos hospitales con capacidad para 100 y 125 pacientes, respectivamente, y se habilitó un hospital flotante utilizando para ello la barca 21 de Mayo que podía recibir 100 enfermos. Las tropas que marcharon siguiendo la ruta costera contaron con el apoyo del navío Carlos Roberto, que además de aprovisionarlas de víveres y agua podía recibir enfermos que no pudieran seguir la marcha. El campamento principal chileno se instaló en el valle de Lurín, a 30 kilómetros de Lima, adonde se trasladaron las ambulancias con sus respectivas divisiones, que habían sido reagrupadas en tres de 8 mil hombres cada una. Las ambulancias habían aumentado su capacidad a 200 camas y se disponía de un hospital volante para 500 pacientes. Lamentablemente, se había suspendido el auxilio de médicos en los regimientos, los que habían sido incorporados a los servicios antes mencionados. Allí las autoridades militares permitieron al doctor Allende incorporar a 500 chinos, quienes colaboraron en el acarreo de útiles de ambulancia y en el traslado de los heridos. Estos habían sido traídos para trabajar como esclavos en las guaneras y plantaciones de café y azúcar, los que aprovechando la llegada de las tropas chilenas se rebelaron contra sus patrones, abandonando sus tareas en las haciendas de la zona.

El avance de las tropas chilenas sobre las líneas defensivas peruanas establecidas al sur de Lima comenzó en silencio a la medianoche del 14 de marzo de 1881. Personal de una de las ambulancias que marchaba con las tropas participó involuntariamente en el inicio de la batalla, ya que un sirviente de la ambulancia, perdido en la oscuridad, cayó en manos de un piquete de soldados peruanos, quienes dieron la señal de alarma, dando así comienzo a los combates a lo largo del frente. En la batalla de Chorrillos y la de Miraflores, ocurridas el 13 y 15 de enero, respectivamente, los médicos de las ambulancias chilenas con ayuda de los cirujanos navales que bajaron a tierra debieron atender a más de 4 mil heridos, sin contar los del enemigo. Dado el caos reinante en la capital peruana, los heridos chilenos y peruanos inicialmente fueron llevados a la Escuela de Cabos, en cuyos patios yacieron durante las primeras horas después de la batalla. No hubo lugar en el vasto edificio que no quedase cubierto de heridos, sin camas ni comodidad alguna. Para aliviar esta situación, el día 16 de enero de 1881 se procedió al embarque de 90 oficiales y 500 soldados heridos cuyas condiciones eran más estables, quienes fueron trasladados a los hospitales del sur. Posteriormente, a partir del 18 día en que entra el grueso de las tropas chilenas a Lima, se trasladaron a los hospitales de Lima y Callao, donde fueron atendidos por médicos del Ejército y de la Marina respectivamente. Fue necesario habilitar en Santiago un hospital en el Palacio de la Exposición en la Quinta Normal, que se abrió el 31 enero. Funcionó durante cinco meses y atendió a 477 heridos y 29 enfermos comunes. La mayor parte de las heridas fueron causadas por proyectiles penetrantes; las estadísticas mencionan 482 heridas por proyectiles de rifle, dos heridas por fragmentos metálicos y dos por arma blanca. El 4 de junio de 1881 el doctor Allende Padín renuncia al cargo de superintendente del servicio sanitario, recibiendo el agradecimiento público del gobierno, quien le entregó 10 mil pesos en reconocimiento a sus labores. La guerra, sin embargo, continuó, ya que las autoridades peruanas no lograron ponerse de acuerdo con el gobierno chileno para establecer el fin de las hostilidades, que continuaron en forma de guerrillas y que se prolongaron hasta 1883, en lo que se conoce como Campaña de la Sierra. Durante esta fase de la guerra los médicos militares chilenos desarrollaron labores en los hospitales de Callao y de Lima, debiendo tratar enfermedades nuevas para ellos. Los médicos de las ambulancias que acompañaban a las tropas que perseguían a las guerrillas peruanas debieron marchar con ellas en territorios hostiles y desconocidos, cruzando valles y cordilleras donde sufrieron del "soroche" o "puna". Los bagajes y elementos sanitarios se retrasaban, ya que las mulas fatigadas resbalaban y se desbarrancaban inutilizando gran parte del material. Las tropas padecían de frío, además existían focos de fiebre amarilla, malaria, dengue y otras enfermedades tropicales que causaron estragos en las tropas chilenas. Durante el primer semestre de 1882 se produjeron 265 defunciones solo por fiebre amarilla, las que en agosto de ese año totalizaron 419, número que abarca 23 oficiales y 7 empleados civiles, incluyendo a los doctores Ojeda y Merino. Durante todo el período de ocupación la cifra de víctimas de esta enfermedad alcanzó la suma de 654. Solamente se controló esta después que un equipo médico militar americano, dirigido por el doctor mayor Walter Reed, probó experimentalmente, en Cuba en el año 1901, que el propagador de esta enfermedad viral es un mosquito (Aedes aegypti), lo que había sido anteriormente sugerido, en 1881, por el médico cubano Juan Carlos Finlay. Esto permitió tomar medidas sanitarias que lograron su control a nivel mundial.

El servicio sanitario se volvió a reorganizar en mayo de 1882, pero siempre se mantuvo la falta de personal médico y de materiales, lo que impidió cumplir con las disposiciones que se establecieron. La necesidad de enrolar médicos voluntarios produjo renuncias durante la campaña, ya que muchos de ellos no se adaptaron a la vida militar, hecho que no se pudo solucionar durante todo el transcurso de la guerra. Un informe de junio de 1882, que da a conocer el número de enfermos del ejército de ocupación, que tenía un efectivo de 15.078 hombres, indica un total de 1.482 hospitalizados además de otros 1.500 enfermos en los cuarteles. En otro informe sobre el número de bajas del ejército en el período que va desde el primero de julio de 1882 al primero de julio de 1883 se señalan 149 muertos en acciones de guerra y 603 por enfermedades, en su mayoría epidémicas. El total de licenciados por invalidez alcanzaba a 2.998. A esto hay que añadir a 674 desertores.

Las acciones bélicas terminaron el 10 de julio de 1883 con la batalla de Huamachuco en que las tropas chilenas aniquilaron a las montoneras peruanas. Esto permitió la firma del Tratado de Paz de Ancón con Perú el 20 de octubre de ese año. En agosto de 1884 pudieron retirarse del Perú las últimas tropas chilenas. Con fecha 12 de diciembre de ese año se dio por terminada la labor de la comisión sanitaria y se estableció la Dirección del Servicio Sanitario, dependiente de la Intendencia General del Ejército.

La opinión de los historiadores en relación con el rol de la sanidad militar en la guerra del Pacífico, que se había iniciado con el sacrificio generoso de un cirujano, reconoce la abnegación de los médicos, sin embargo, es muy crítica de la organización de ella y de sus resultados. Vicuña Mackenna, observador contemporáneo, señala: "en cuanto al servicio sanitario del ejército de Chile, y por lo que hace a sus defectos, sus vacíos, sus hombres, sus faltas originarias que remontan a una fuente de triste egoísmo profesional y a una atroz mezquindad fiscal, hasta su ejecución en el campo de batalla y enseguida en los hospitales de sangre, no ha llegado todavía el momento oportuno de juzgarlo. Necesita el historiador para ser justo, pruebas completas, acusaciones y defensas que aún no han sido exhibidas y que tardan, si bien con impaciencia se aguardan. Mas, dada esta salvedad, no hay motivos plausibles para asegurar que el servicio de nuestras ambulancias hubiese mejorado en lo más mínimo desde las primeras riñas de hospital, de renta y de supremacía de Antofagasta, y de su ausencia completa del campo de la matanza en Pisagua y en Tarapacá". Un historiador posterior, Francisco Antonio Encina, expresa, después de citar al Jefe del Estado Mayor, General Maturana, quien destaca la labor de las ambulancias durante los combates de Chorrillos y Miraflores: "por desgracia no puede decirse lo mismo de la atención posterior de los heridos en los hospitales de campaña del norte ni de su transporte al sur. Chile perdió, por defectos de atención, de locales adecuados y de tratamientos antisépticos, miles de vidas que pudieron salvarse."

El problema de la atención médica en el campo militar estaba en el área de la administración y organización y no guardaba relación directa con los conocimientos médicos logrados hasta esa época. Al respecto, el delegado de la intendencia general del Ejército, en un informe a la Comandancia en Jefe, señalaba: "estimo que el servicio sanitario ha debido tener un superintendente meramente administrativo que tomara sobre sí la pesada carga del servicio de ambulancias y hospitales. Me ha dado pena ver al esforzadísimo doctor Allende Padín, en días de batalla, cubierto de polvo y sudor, jadeante de fatiga, con el bisturí en la mano operando a los heridos y teniendo que atender al servicio de hospitales y ambulancias, recoger heridos, embarcarlos, ver repartir por todas partes camas, catres, carretas, mozos, vendas, medicinas, etc. El servicio médico, indudablemente que necesita a su cabeza un doctor inteligente; pero el servicio administrativo ha debido estar a cargo de un hombre de administración, que no tuviera que ocuparse en cortar piernas, brazos, etc., sino en hacer preparar camas, camillas, alimentos, vestidos, medicinas, recoger heridos, embarcarlos y correr con la contabilidad y administración general de todo aquello que no corresponde al papel de un médico". No existía en el Ejército chileno un cuerpo médico militar entrenado para estas tareas, con una jerarquía similar a la de los oficiales militares de carrera. Los médicos no llegaron a constituir parte del Ejército como oficiales hasta 1912, con 41 cirujanos para 5 zonas militares, que cuidaban de aproximadamente 17 mil hombres.

Normalmente se necesitan años para entrenar y equipar los servicios médicos de fuerzas militares numerosas. Los administradores médicos y los cirujanos chilenos tuvieron que improvisar en la medida en que la guerra progresaba, enfrentando una crisis tras otra, en sus esfuerzos para solucionar los problemas presentados por las diferentes campañas.