Las principales alteraciones lisosomales están relacionadas con las enzimas contenidas en estos organelos.

Una insuficiente actividad lítica de bacterias fagocitadas por macrófagos, se produce en la enfermedad de Whipple: en los macrófagos especialmente de la mucosa yeyunal se observan cuerpos baciliformes PAS positivos, que se encuentran dentro de los lisosomas.

En inflamaciones crónicas de la vía urinaria, por un mecanismo similar se producen las células de Hansemann: macrófagos con gránulos mineralizados con sales de calcio y hierro. Estos gránulos corresponden a lisosomas que no han eliminado bacterias y en que se han depositado sales minerales. En la mucosa urinaria se forman placas blanquecino amarillentas, blandas: malacoplaquia (malakós, blando; pláks, placa)

Un vasto grupo de enfermedades hereditarias, poco frecuentes, está caracterizado por deficiencias enzimáticas específicas de los lisosomas. Estos defectos enzimáticos se traducen en la acumulación de la substancia no metabolizada. De ahí que estas enfermedades se llamen enfermedades de almacenamiento o depósito o tesaurismosis (the-saurismo = almacenar, depositar, atesorar). De regla, el almacenamiento se produce dentro de los lisosomas, que se alteran, agrandan y conservan las membranas. Sin embargo, en la enfermedad de von Gierke la acumulación de glucógeno se produce en el citosol.

En las tesaurismosis la células comprometidas se alteran de una manera regular. En las glucogenosis el citoplasma aparece ópticamente vacío en una preparación corriente y la célula parece delimitada por una gruesa membrana a manera de cutícula. Los epitelios, como el hepático, dan el aspecto de tejido vegetal. En las tesaurismosis por almacenamiento de lipoides, el citoplasma de las células comprometidas, en general, ofrece un aspecto espumoso. Pero en la enfermedad de Gaucher, el citoplasma aparece finamente estriado, como cabellera de mujer.