La primoinfección en el hombre se manifiesta en la formación del complejo primario, que se produce las más de las veces en el pulmón, le siguen en frecuencia el del intestino y de la faringe (tuberculosis por ingestión). El complejo primario está formado por el foco primario en el órgano donde el bacilo causa la primera reacción inflamatoria, y por el foco ganglionar en los ganglios linfáticos regionales. El foco primario pulmonar se llama también foco de Ghon, con el que se asocia siempre un ganglio bronquial tuberculoso caseificado (ley de Parrot). En la mayoría de los individuos el complejo primario cura: del foco de Ghon queda una pequeña cicatriz, casi inaparente, el foco ganglionar, que suele ser mayor, tiende a la calcificación distrófica.

El concepto de tuberculosis de reinfección, introducido por Aschoff, se refiere al pulmón: a éste vuelven a llegar bacilos que producen nuevos focos tuberculosos, llegan ya sea desde el exterior: reinfección exógena o por vía hematógena a partir del complejo primario cicatrizado o en vías de cicatrización: reinfección endógena. El foco de origen más frecuente de la reinfección endógena es el ganglionar linfático. La reinfección se manifiesta en pequeños focos apicales, que suelen ser bilaterales (focos de Aschoff-Puhl en el adulto, focos de Simon en el niño). En la reinfección no se produce compromiso ganglionar linfático. Los focos de Aschoff-Puhl pueden ser el origen de una tuberculosis de reinfección más extensa. El llamado infiltrado precoz o infraclavicular de Assmann-Redeker suele ser por reinfección exógena.

Se conoce con el nombre de tuberculosis metastásica focos tuberculosos aislados extrapulmonares que se producen por vía hematógena a partir del complejo primario en vías de cicatrización. Los sitios más frecuentes de dichos focos son: cerebro, hueso, articulaciones, epidídimo, riñones, trompa, suprarrenales. Ellos pueden permanecer latentes durante años y dar origen a una tuberculosis del órgano correspondiente después de la cicatrización completa del complejo primario. Los focos metastásicos en el bazo e hígado, también frecuentes, no se complican de tuberculosis orgánicas más extensas.